< Master index Index for brede >

Index for brede

Matlab files in this directory:

 bredebrede - Main function
 brede_airbrede_air - Roger Woods AIR file
 brede_bdbbrede_bdb - Read and store Brede database
 brede_bibbrede_bib - Overview of 'bib' function'
 brede_bib_ac2bibbrede_bib_ac2bib - Convert Academic Press to Bib struct
 brede_bib_asymmetrybrede_bib_asymmetry - Compute asymmetry for 'bib'
 brede_bib_author2authorbrede_bib_author2author - Convert author field in 'bib' structure
 brede_bib_author2txtbrede_bib_author2txt - Convert author field in 'bib' structure to text
 brede_bib_authors2htmlbrede_bib_authors2html - Convert authors to HTML
 brede_bib_bib2bibbrede_bib_bib2bib - Regularize Bib structure
 brede_bib_bib2bibtexbrede_bib_bib2bibtex - Convert 'bib' structure to BibTeX
 brede_bib_bib2citekeybrede_bib_bib2citekey - Generate BibTeX key from 'bib' structure
 brede_bib_bib2expbrede_bib_bib2exp - Convert 'bib' structure to 'exp' structure
 brede_bib_bib2htmlbrede_bib_bib2html - Convert 'Bib' structure to HTML
 brede_bib_bib2html_authorbrede_bib_bib2html_author - Write author index to HTML file
 brede_bib_bib2html_fmridcidbrede_bib_bib2html_fmridcid - Index for Hammers field
 brede_bib_bib2html_statbrede_bib_bib2html_stat - Generate HTML with descriptive statistics
 brede_bib_bib2locbrede_bib_bib2loc - Convert 'bib' to 'loc'
 brede_bib_bib2matbrede_bib_bib2mat - Generate matrix from 'Bib' structure
 brede_bib_bib2pmidbrede_bib_bib2pmid - Get Pubmed PMID from bib structure
 brede_bib_bib2strbrede_bib_bib2str - Convert 'bib' to string.
 brede_bib_bib2texbrede_bib_bib2tex - Construct LaTeX from 'bib' structure
 brede_bib_bib2vcardbrede_bib_bib2vcard - Convert bib structure to vCard
 brede_bib_bib2volbrede_bib_bib2vol - Convert a 'bib' structure to a 'vol'
 brede_bib_cell2structbrede_bib_cell2struct - Convert 'Bib' cell arrays to structures
 brede_bib_getfieldbrede_bib_getfield - Get a field from a 'Bib' structure
 brede_bib_journal2journalbrede_bib_journal2journal - Convert journal field in 'bib' structure
 brede_bib_medline2bibbrede_bib_medline2bib - Convert MEDLINE string to Bib struct
 brede_bib_mergebrede_bib_merge - Merge 2 bibliographies
 brede_bib_pmid2wobibbrede_bib_pmid2wobib - Convert PMID to WOBIB identifier if possible
 brede_bib_ref2bibbrede_bib_ref2bib - String containing a reference to bib
 brede_bib_selectbrede_bib_select - Select fields or 'bib' structures
 brede_bmbrede_bm - Functions related to BrainMap
 brede_bm_correct_expbrede_bm_correct_exp - Correct the BrainMap database
 brede_bm_exp2expbrede_bm_exp2exp - Parse string to get BrainMap Experiment
 brede_bm_expbib2expbrede_bm_expbib2exp - Merge exp and bib information
 brede_bm_get_expbrede_bm_get_exp - Get BrainMap experiment from the web
 brede_bm_get_locbrede_bm_get_loc - Get BrainMap location
 brede_bm_get_paperbrede_bm_get_paper - Get BrainMap paper
 brede_bm_paper2abstrbrede_bm_paper2abstr - Get abstract from BrainMap paper
 brede_bm_paper2bibbrede_bm_paper2bib - Parse string to Get BrainMap paper
 brede_bm_urlbrede_bm_url - Return BrainMap URL for a paper, eksp. or loc.
 brede_bt_get_entrybrede_bt_get_entry - Get entries from BibTeX file
 brede_cdfbrede_cdf - Cumulative distribution
 brede_cdf_binbrede_cdf_bin - Binomial distribution function
 brede_cdf_chi2brede_cdf_chi2 - CDF for chi2-distriibution
 brede_cdf_fbrede_cdf_f - Fisher's F distribution
 brede_cdf_gaussbrede_cdf_gauss - Gaussian (normal) distribution function
 brede_cdf_gaussianratiobrede_cdf_gaussianratio - Gaussian ratio distribution
 brede_cdf_hypergeobrede_cdf_hypergeo - Hypergeometric density distribution
 brede_cdf_lta2twotailedbrede_pdf_lta2twotailed(pin) - Convert one-tailed to two-tailed
 brede_cdf_ncfbrede_cdf_ncf - Fisher's singly noncentral F distribution
 brede_cdf_rbrede_cdf_r - Correlation coefficient for distribution function
 brede_cdf_rankbrede_cdf_rank - Compute lower tail area for rank
 brede_cdf_tbrede_cdf_t - Student t distribution
 brede_celbrede_cel - Functions for 'cel' structures
 brede_cel_cel2celbrede_cel_cel2cel - Convert to canonical form of cell
 brede_cel_cel2matbrede_cel_cel2mat - Convert 'cel' to 'mat' structure
 brede_cel_genotype2matbrede_cel_genotype2mat - Generate 'mat' structure from genotype
 brede_cel_matchbrede_cel_match - Match columns or rows of two cells
 brede_cel_subcellbrede_cel_subcell - Take out part of cel structure
 brede_cel_transposebrede_cel_transpose - Transpose a 'Cel' structure
 brede_cocomac_connectivity2matbrede_cocomac_connectivity2mat - Convert CoCoMac Structure
 brede_cra_estbrede_cra_est - Canonical ridge estimation
 brede_expbrede_exp - Overview over 'exp' functions
 brede_exp_catbrede_exp_cat - Concatenate two 'exp' structures
 brede_exp_exp2expbrede_exp_exp2exp - Regularize experiemnt structure
 brede_exp_exp2htmlbrede_exp_exp2html - Write 'exp' structures to HTML files
 brede_exp_exp2html_statbrede_exp_exp2html_stat - Generate HTML with descriptive statistics
 brede_exp_exp2locbrede_exp_exp2loc - Convert 'exp' to 'loc'
 brede_exp_exp2matbrede_exp_exp2mat - Generate matrix from 'Exp' structure
 brede_exp_exp2strbrede_exp_exp2str - Convert 'exp' structure to string
 brede_exp_exp2texbrede_exp_exp2tex - Convert 'exp' structure to LaTeX
 brede_exp_exp2volbrede_exp_exp2vol - Generate volumes from 'Exp' structure
 brede_exp_extractbrede_exp_extract - Extract experiment
 brede_exp_getfieldbrede_exp_getfield - Get a field from a 'Exp' structure
 brede_exp_outlierbrede_exp_outlier - Find outliers
 brede_exp_querybrede_exp_query - Query after 'exp' structures
 brede_exp_selectbrede_exp_select - Select fields or 'exp' structures
 brede_extbrede_ext - Overview of ext functions and structure
 brede_ext_ext2htmlbrede_ext_ext2html - Generate HTML from ext structures
 brede_ext_ext2matbrede_ext_ext2mat - Convert 'ext' to 'mat' structure
 brede_ext_ext2strbrede_ext_ext2str - Convert 'ext' structure to string
 brede_ext_getfieldbrede_ext_getfield - Get a field from a 'Ext' structure
 brede_ext_woext2htmlbrede_ext_woext2html - WOEXT to HTML
 brede_hash_funcbrede_hash_func - Hash function
 brede_hb_cityscapebrede_hb_cityscape - Construct hyperbrain VRML Cityscape
 brede_hb_housebrede_hb_house - Hyperbrain VRML House
 brede_hb_personbrede_hb_person - Hyperbrain VRML person
 brede_hb_torusbrede_hb_torus - Hyperbrain VRML Torus
 brede_html_close_jernebrede_html_close_jerne - Close a HTML file in the jerne style
 brede_html_listbrede_html_list - Make a HTML with a list
 brede_html_locbrede_html_loc - Write locations to a HTML file
 brede_html_open_jernebrede_html_open_jerne - Open a file and write a "Jerne" header
 brede_html_relvolbrede_html_relvol - Construct HTML files with related volumes
 brede_html_vol2htmlbrede_html_vol2html - Construct HTML files with probability volumes
 brede_ica_bs_estbrede_ica_bs_est - Bell & Sejnowski ICA estimation
 brede_ica_estbrede_ica_est - Independent component analysis
 brede_ica_nbs_estbrede_ica_nbs_est - Non-symmetric Bell & Sejnowski ICA
 brede_idf_chi2brede_idf_chi2 - IDF for chi2-distriibution
 brede_idf_gaussbrede_idf_gauss - Inverse cumulated Gaussian distribution
 brede_jou_wojou2bibbrede_jou_wojou2bib - WOJOU identifier to 'bib' structure
 brede_locbrede_loc - Overview of 'Loc' structure functions
 brede_loc_asymmetrybrede_loc_asymmetry - Generate an asymmetry index
 brede_loc_coord2urlbrede_loc_coord2url - Generate URL from coordinate
 brede_loc_dist_hausdorffbrede_loc_dist_hausdorff - Hausdorff distance between two point sets
 brede_loc_dist_minminbrede_loc_dist_minmin - Minmin distance between two point sets
 brede_loc_hulllevelbrede_loc_hulllevel - Hull level of 'loc' structures
 brede_loc_labelbrede_loc_label - Label locations
 brede_loc_loc2coordbrede_loc_loc2coord - Return coordinates from loc structure
 brede_loc_loc2expbrede_loc_loc2exp - Convert 'loc' to 'exp' structure
 brede_loc_loc2htmlbrede_loc_loc2html - Write locations to HTML file
 brede_loc_loc2html_statbrede_loc_loc2html - Write locations to HTML file
 brede_loc_loc2locbrede_loc_loc2loc - Convert location structure to location
 brede_loc_loc2matbrede_loc_loc2mat - Convert 'loc' to 'mat' structure
 brede_loc_loc2texbrede_loc_loc2tex - Loc structure to LaTeX
 brede_loc_loc2volbrede_loc_loc2vol - Generate volume from locations
 brede_loc_loc2wptemplatebrede_loc_loc2wptemplate - Wikipedia template from loc structure
 brede_loc_mat2locbrede_loc_mat2loc - Convert matrix to Location structure.
 brede_loc_meanbrede_loc_mean - Mean coordinate
 brede_loc_medianbrede_loc_median - Median of coordinates in 'loc' structure
 brede_loc_nearestlocbrede_loc_nearestloc - Find the nearest locations
 brede_loc_querybrede_loc_query - Query after 'loc' structures
 brede_loc_selectbrede_loc_select - Select fields or 'loc' structures
 brede_loc_symmetrizebrede_loc_symmetrize - Symmetrize (mirror in the x) locations
 brede_loc_test_equalbrede_loc_test_equal - Test if 'loc' structures are equal
 brede_loc_test_gaussianbrede_loc_test_gaussian - Test for gaussianity
 brede_loc_volbrede_loc_vol - Generate volume from locations
 brede_loc_xformbrede_loc_xform - Transform a set of coordinates
 brede_makebrede_make - Function to compile the mex functions
 brede_matbrede_mat - Overview over 'mat' functions
 brede_mat_2mat2htmlbrede_mat_2mat2html - Convert two matrices to HTML
 brede_mat_absbrede_mat_abs - Row and column abs of matrix
 brede_mat_addbrede_mat_add - Add two matrices from 'Mat' structures
 brede_mat_ascendantsbrede_mat_ascendants - Find ascendants
 brede_mat_assignmentbrede_mat_assignment - Matching a bipartite graph'(Hungarian method)
 brede_mat_binarizebrede_mat_binarize - Binarize
 brede_mat_catbrede_mat_cat - Concatenate two matrix structures
 brede_mat_cat_columnsbrede_mat_cat_columns - Concatenate columns in matrix structures
 brede_mat_cat_interceptbrede_mat_cat_intercept - Add a column with 'ones' to a matrix
 brede_mat_ccabrede_mat_cca - Canonical correlation analysis
 brede_mat_centerbrede_mat_center - Centering of a 'mat' structure
 brede_mat_clustercoefbrede_mat_clustercoef - Cluster coefficient
 brede_mat_concordancebrede_mat_concordance - Lin's concordance correlation coefficient
 brede_mat_conncompbrede_mat_conncomp - Find connected components
 brede_mat_corrcoefbrede_mat_corrcoef - Correlation coefficient
 brede_mat_covbrede_mat_cov - Covariance matrix
 brede_mat_cumsumbrede_mat_cumsum - Cumulated sum
 brede_mat_densitybrede_mat_density - Density of a matrix
 brede_mat_descendantsbrede_mat_descendants - Find descendants
 brede_mat_digammabrede_mat_digamma - Digamma function
 brede_mat_distbrede_mat_dist - Distance between objects
 brede_mat_dividebrede_mat_divide - Element-wise divide
 brede_mat_elemproductbrede_mat_elemproduct - MElement-wise matrix product
 brede_mat_elimsinglebrede_mat_elimsingle - Eliminate columns with single instances
 brede_mat_elimstopbrede_mat_elimstop - Eliminate stop words
 brede_mat_elimzerobrede_mat_elimzero - Eliminate columns with zero instances
 brede_mat_fowlkesmallowsbrede_mat_fowlkesmallows - Compute Fowlkes Mallows similarity
 brede_mat_getfieldbrede_mat_getfield - Get a field from a 'Mat' structure
 brede_mat_getrowsbrede_mat_getrows - Get rows from 'mat' structures
 brede_mat_glmbrede_mat_glm - General linear model
 brede_mat_glm_estbrede_mat_glm_est - General linear model estimation
 brede_mat_glm_testablebrede_mat_glm_testable - Test is a certain contrast is testable
 brede_mat_hkmcbrede_mat_hkmc - K-means clustering
 brede_mat_hnmfbrede_mat_hnmf - Hierarchical NMF
 brede_mat_hubauthoritybrede_mat_hubauthority - Hub and authority for a matrix
 brede_mat_hulllevelbrede_mat_hulllevel - Hull level of vertices
 brede_mat_ibfabrede_mat_ibfa - Interbattery analysis
 brede_mat_icabrede_mat_ica - Independent component analysis
 brede_mat_iccbrede_mat_icc - Intraclass correlation coefficient
 brede_mat_imputebrede_mat_impute - Imputation
 brede_mat_invbrede_mat_inv - Inverse of matrix
 brede_mat_iproductbrede_mat_iproduct - Inner product of 'mat' structures
 brede_mat_isnanbrede_mat_isnan - isnan for 'mat' structures
 brede_mat_kmcbrede_mat_kmc - K-means clustering
 brede_mat_knnbrede_mat_knn - k nearest neighbor
 brede_mat_krprodbrede_mat_krprod - Khatri-Rao product
 brede_mat_kummerbrede_mat_kummer - Kummer's confluent hypergeometric function
 brede_mat_lad_estbrede_mat_lad_est - Least absolute deviation estimation
 brede_mat_loganplotbrede_mat_loganplot - Logan plot analysis
 brede_mat_mat2celbrede_mat_mat2cel - Convert 'mat' structure to 'cel' structure
 brede_mat_mat2htmlbrede_mat_mat2html - Convert 'mat' structure to HTML
 brede_mat_mat2locbrede_mat_mat2loc - Convert 'mat' structure to 'loc' structures'
 brede_mat_mat2matbrede_mat_mat2mat - Convert or clean matrix
 brede_mat_mat2strbrede_mat_mat2str - Generate a string for a 'mat' structure
 brede_mat_mat2texbrede_mat_mat2html - Convert 'mat' structure to TeX
 brede_mat_mat2volbrede_mat_mat2vol - Convert 'mat' to 'vol' structure
 brede_mat_matchbrede_mat_match - Match columns or rows of two matrices
 brede_mat_meanbrede_mat_mean - Mean of matrix
 brede_mat_minusbrede_mat_minus - Subtract a matrix from another
 brede_mat_mmabrede_mat_mma - Multinomial mixture analysis
 brede_mat_mrtmbrede_mat_mrtm - Ichise's MRTM analysis
 brede_mat_mutualinfobrede_mat_mutualinfo - Mutual information
 brede_mat_negatebrede_mat_negate - Negate element values in matrix
 brede_mat_nls_estbrede_mat_nls_est - Non-negative least squares estimation
 brede_mat_nlsb_estbrede_mat_nlsb_est - Non-negative least squares estimation
 brede_mat_nmfbrede_mat_nmf - Non-negative matrix factorization
 brede_mat_nmf_normalizebrede_mat_nmf_normalize - Normalize NMF result
 brede_mat_noveltybrede_mat_novelty - Novelty/outlierness for matrix
 brede_mat_onesbrede_mat_ones - 'Mat' structure with ones
 brede_mat_onmfbrede_mat_onmf - Orthogonal non-negative matrix factorization
 brede_mat_oproductbrede_mat_oproduct - Inner product of 'mat' structures
 brede_mat_orthopcaspacebrede_mat_orthopcaspace - Remove PCA-subspace
 brede_mat_orthospacebrede_mat_orthospace - Projection onto the orthogonal subspace
 brede_mat_partcorrcoefbrede_mat_partcorrcoef - Correlation coefficient
 brede_mat_partcorrcoef2csvbrede_mat_partcorrcoef2csv - Partial correlation with results to a CSV file
 brede_mat_partcorrcoef_testbrede_mat_partcorrcoef_test - Correlation coefficient
 brede_mat_partcorrcoef_tvaluebrede_mat_partcorrcoef_tvalue - T-value for partial correlation
 brede_mat_pcr_estbrede_mat_pcr_est - Principal component regression estimation
 brede_mat_permutebrede_mat_permute - Permute rows of matrix
 brede_mat_pinvbrede_mat_pinv - Pseudo inverse of matrix
 brede_mat_plot_bullseyebrede_mat_plot_bullseye - Bullseye plot of 'Mat' structure
 brede_mat_plot_clusterbushbrede_mat_plot_clusterbush - Plot a hierarchy of clusters
 brede_mat_plot_countbrede_mat_plot_count - Plot row or columns summeratization
 brede_mat_plot_linesbrede_mat_plot_lines - Plot matrix elements as lines
 brede_mat_plot_mdsbrede_mat_plot_mds - Multidimensional scaling for 'Mat' structure
 brede_mat_plot_partcorrcoef_evolvebrede_mat_plot_partcorrcoef_evolve - Plot of evolution of correlation
 brede_mat_plot_pathbrede_mat_plot_path - Plot paths between two nodes.
 brede_mat_plot_targbrede_mat_plot_targ - 'Target Sociogram' plot of 'Mat' structure
 brede_mat_productbrede_mat_product - Multiply two matrices from 'Mat' structures
 brede_mat_rankindicatorbrede_mat_rankindicator - Construct a 'rank indicator' matrix
 brede_mat_reconerrorbrede_mat_reconerror - Reconstruction error for a matrix
 brede_mat_rocbrede_mat_roc - Receiver operating Characteristics (ROC)
 brede_mat_rows2strsbrede_mat_rows2strs - Convert rows to strings
 brede_mat_scalebrede_mat_scale - Scale a matrix
 brede_mat_sembrede_mat_sem - Structural equations modeling
 brede_mat_sem_aicbrede_mat_sem_aic - AIC for structural equation model
 brede_mat_sem_bicbrede_mat_sem_bic - BIC for structural equation model
 brede_mat_sem_growbrede_mat_sem_grow - Grow structural equation model
 brede_mat_sem_loglikelihoodbrede_mat_sem_loglikelihood - Log-likelihood for structural equation
 brede_mat_skewnessbrede_mat_skewness - Skewness
 brede_mat_sortbrede_mat_sort - Sort rows or columns
 brede_mat_stdbrede_mat_std - Std of matrix
 brede_mat_submatrixbrede_mat_submatrix - Pick out submatrix
 brede_mat_sumbrede_mat_sum - Row and column sum of matrix
 brede_mat_svdbrede_mat_svd - Singular value decomposition
 brede_mat_transposebrede_mat_transpose - Transpose a 'Mat' structure
 brede_mat_wtabrede_mat_wta - Winner takes all
 brede_nmf_cost_divbrede_nmf_cost_div - NMF divergence costfunction
 brede_nmf_cost_euclbrede_nmf_cost_eucl - NMF euclidean cost
 brede_nmf_estbrede_nmf_est - Non-negative matrix factorization
 brede_opt_cgbrede_opt_cg - Rasmussen/Goutte's conjugate gradient minimization
 brede_opt_gradientbrede_opt_gradient - Optimization with Gradient minimization
 brede_pdebrede_pde - Probability density estimation
 brede_pde_binmixbrede_pde_binmix - Estimation of binomial mixture model
 brede_pde_binmix_derbrede_pde_binmix_der - Derivative of the binomial mixture
 brede_pde_binmix_llbrede_pde_binmix_ll - Loglikelihood of mixture of binomials
 brede_pde_spechtbrede_pde_specht - Specht Kernel evaluation
 brede_pde_spechtestbrede_pde_spechtest - Estimation of the kernel width for Specht
 brede_pde_spechtlpbrede_pde_spechtlp - Specht Kernel logarithmic probability
 brede_pdf_binbrede_pdf_bin - Binomial probability density function
 brede_pdf_binmixbrede_pdf_binmix - Probability density for binomial mixture
 brede_pdf_cauchybrede_pdf_cauchy - PDF of multivariate Cauchy-distribution
 brede_pdf_chi2brede_pdf_chi2 - PDF of chi2-distriibution
 brede_pdf_gaussbrede_pdf_gauss - Gaussian probability density
 brede_pdf_gaussianratiobrede_pdf_gaussianratio - Gaussian ratio distribution
 brede_pdf_hypergeobrede_pdf_hypergeo - Hypergeometric density distribution
 brede_pdf_nigbrede_pdf_nig - Normal inverse gamma probability density
 brede_pdf_tbrede_pdf_t - PDF of multivariate t-distribution
 brede_perbrede_per - Overview of function for 'per' structure
 brede_per_per2htmlbrede_per_per2html - Convert 'per' structure to HTML
 brede_plotbrede_plot - Plot functions of brede
 brede_plot_set_fontsizebrede_plot_set_fontsize - Set fontsize for plot
 brede_plot_wordfreqbrede_plot_wordfreq - Plot word frequency
 brede_plot_wordsvdbrede_plot_wordsvd - Plot singular vector from SVD of word matrix
 brede_re_matchbrede_re_match - Regular expresssion matching
 brede_readbrede_read - Overview of file reading functions
 brede_read_airbrede_read_air - Read Roger Woods AIR file
 brede_read_amatbrede_read_amat - Read in Antonia Hamiliton's AMAT database
 brede_read_analyzebrede_read_analyze - Reads an ANALYZE file
 brede_read_analyze4dbrede_read_analyze4d - Reads 4 dimensional ANALYZE file
 brede_read_bibtexbrede_read_bibtex - Read BIBTeX file
 brede_read_bm_entbrede_read_bm_ent - Read BrainMap ent file
 brede_read_csv2celbrede_read_csv2cel - Read file for cel structure
 brede_read_csv2locbrede_read_csv2loc - Read locations from a comma separated
 brede_read_csv2matbrede_read_csv2mat - Read comma separated file to 'mat' structure
 brede_read_guessfiletypebrede_read_guessfiletype - Try to guess the filetype
 brede_read_nifti1brede_read_nifti1 - Reads an NIfTI-1 file
 brede_read_objbrede_read_obj - Read MNI obj file with surface
 brede_read_offbrede_read_off - Read an OFF file
 brede_read_rawicbmbrede_read_rawicbm - Reads a file containing a volume.
 brede_read_spm_designmatrixbrede_read_spm_mat - Read SPM design matrix
 brede_read_spm_eegtemplatebrede_read_spm_eegtemplate - Read SPM5 EEGtemplates
 brede_read_spm_graybrede_read_spm_gray - Read SPM's apriori gray volume from SPM
 brede_read_spm_matbrede_read_spm_mat - Read SPM .mat transformation matrix
 brede_read_spm_sn_affinebrede_read_spm_sn_affine - Read SPM transformation matrix from 'sn'
 brede_read_txtlinesbrede_read_txtlines - Read file with text lines
 brede_read_txtmatrixbrede_read_txtmatrix - Read a 'Mat' structure from text files.
 brede_read_txttablebrede_read_txttable - Read file with text table
 brede_read_vapet3dbrede_read_vapet3d - Read a VAPET volume file
 brede_read_volumesbrede_read_volumes - Read volume files
 brede_read_xls2celbrede_read_xls2cel - Read Excel XLS file to a 'cel' structure
 brede_read_xmlbrede_read_xml - Read XML file into structure
 brede_read_xml2volbrede_read_xml2vol - Read a XML file with a volume
 brede_read_xml_cocomacbrede_read_xml_cocomac - Read CoCoMac XML file
 brede_roibrede_roi - Over of ROI functions
 brede_roi_roi2htmlbrede_roi_roi2html - Convert 'roi' structure to HTML
 brede_roi_roi2html_alphabrede_roi_roi2html_alpha - Alphabetic index for 'roi' field
 brede_roi_roi2html_hambrede_roi_roi2html_ham - Index for Hammers field
 brede_roi_roi2html_svarerbrede_roi_roi2html_svarer - Index for Svarer field in 'roi'
 brede_roi_roi2html_tzourbrede_roi_roi2html_tzour - Index for Tzourio-Mazoyer field in 'roi'
 brede_roi_roi2matbrede_roi_roi2mat - Convert 'roi' structures to 'mat' structure
 brede_roi_roi2namesbrede_roi_roi2names - Get names for ROI
 brede_roi_roi2strbrede_roi_roi2str - Convert 'roi' structure to string
 brede_roi_roi2texbrede_roi_roi2tex - Construct LaTeX from 'roi' structure
 brede_roi_tzour2roibrede_roi_tzour2roi - Find/convert Tzourio-Mazoyer AAL identifier
 brede_roi_woroi2locbrede_roi_woroi2loc - Get location for brain region
 brede_roi_woroi2roibrede_roi_woroi2roi - Get 'Roi' for a WOROI identifier
 brede_spm2_table2locbrede_spm2_table2loc - Convert result table to locations
 brede_spm99_table2locbrede_spm99_table2loc - Convert result table to locations
 brede_stereo_anaglbrede_stereo_anagl - Make anaglyph stereoscopy image
 brede_strbrede_str - Overview of string functions
 brede_str_author2authorbrede_str_author2author - Parse string with authors
 brede_str_charfrqbrede_str_charfrq - Character frequency
 brede_str_cleanbrede_str_clean - 'Clean' string
 brede_str_datebrede_str_date - Return date with ISO formatting
 brede_str_deblankbrede_str_deblank - Removes starting and trailing whitespace
 brede_str_dehtmlbrede_str_dehtml - Remove HTML markup from string.
 brede_str_elimstopbrede_str_elimstop - Eliminate stop words
 brede_str_erasebrede_str_erase - Erase a substring in a string
 brede_str_google2urlsbrede_str_google2urls - Extract URLs from the Google search result
 brede_str_html2strbrede_str_xml2str - Deescape xml
 brede_str_lixbrede_str_lix - String: lix
 brede_str_ngrambrede_str_ngram - N-gram
 brede_str_pdf2txtbrede_str_pdf2txt - Convert PDF file to text
 brede_str_phrasefrqbrede_str_phrasefrq - Compute phrase frequency
 brede_str_plot_chfrbrede_str_plot_chfr - Plot character frequency
 brede_str_plot_phrasefrqbrede_str_plot_phrasefrq - Plot phrase frequency
 brede_str_ps2txtbrede_str_ps2txt - Convert a PostScript file to a text file.
 brede_str_splitbrede_str_split - Split a string into substring
 brede_str_splitkeybrede_str_splitkey - Split keyword string into words matrix
 brede_str_splitwordbrede_str_splitword - Split string into words
 brede_str_str2alphanumbrede_str_str2alphanum - Maintain only alphanumeric characters
 brede_str_str2bibbrede_str_str2bib - Convert string to bib
 brede_str_str2htmlbrede_str_str2html - Convert string to HTML
 brede_str_str2matbrede_str_str2mat - Convert string into a 'Mat' structure
 brede_str_str2mat_wordbigrambrede_str_str2mat_wordbigram
 brede_str_str2woroibrede_str_str2woroi - Try to convert a string to a WOROI
 brede_str_ucfirstbrede_str_ucfirst - Upper case first letter
 brede_str_wordstembrede_str_wordstem - Stem the words of a string
 brede_str_wptemplate2celbrede_str_wptemplate2cel - Convert Wikipedia templates to cel
 brede_str_wptemplate2structbrede_str_wptemplate2struct - Wikipedia template to structure
 brede_structbrede_struct - Function for structures
 brede_struct_array2cellbrede_struct_array2cell - Convert structure as array to cell array
 brede_struct_field2cellstrbrede_struct_field2cellstr - Convert field to cellstr
 brede_struct_field2numbrede_struct_field2num - Convert field to number
 brede_struct_field2numsbrede_struct_field2nums - Convert field to number
 brede_struct_field2strbrede_struct_field2str - Convert field to cellstr
 brede_struct_fieldnamesbrede_struct_fieldnames - Return fieldnames
 brede_struct_getelementbrede_struct_getelement - Get element from a field.
 brede_struct_guesstypebrede_struct_guesstype - Try to guess type of structure
 brede_struct_selectbrede_struct_select - Select fields from structures
 brede_struct_struct2strbrede_struct_struct2str - Convert structure to string
 brede_surbrede_sur - Overview of 'sur' structure and functions
 brede_sur_areabrede_sur_area - Measure the area of a surface
 brede_sur_colorbrede_sur_color - Generate color for surface
 brede_sur_connectivitybrede_sur_connectivity - Connectivity matrix
 brede_sur_convhullbrede_sur_convhull - Convex hull for a surface
 brede_sur_cubebrede_sur_cube - Construct a cube in a 'sur' structure
 brede_sur_curvaturebrede_sur_curvature - Curvature of a surface
 brede_sur_distbrede_sur_dist - Distance to surface
 brede_sur_drurybrede_sur_drury - Return Drury cortex surface
 brede_sur_flattenbrede_sur_flatten - Flatten surface
 brede_sur_hulllevelbrede_sur_hulllevel - Hull level of vertices
 brede_sur_octahedronbrede_sur_octahedron - Construct a octahedron in a 'sur' structure
 brede_sur_reducebrede_sur_reduce - Reduce surface
 brede_sur_refinebrede_sur_refine - Refine surface
 brede_sur_scalevertbrede_sur_scale - Scale vertices in 'sur' structure
 brede_sur_smoothvertbrede_sur_smoothvert - Smooth position of vertices
 brede_sur_spherebrede_sur_sphere - Construct a sphere in a 'sur' structure
 brede_sur_subsurfacebrede_sur_subsurface - Extract sub-surface
 brede_sur_sur2matbrede_sur_sur2mat - Convert 'sur' structure to 'mat'
 brede_sur_tetrahedronbrede_sur_tetrahedron - Construct a tetrahedron in a 'sur' structure
 brede_sur_triangularizebrede_sur_triangularize - Triangularize mesh
 brede_sur_unfoldbrede_sur_unfold - Unfold a surfaces
 brede_svd_estbrede_svd_est - Singular value decomposition
 brede_svd_testbrede_svd_test - Test for principal components.
 brede_ta2brede_ta2 - Overview of 2D plotting function
 brede_ta2_axisbrede_ta2_axis - Control axis scaling
 brede_ta2_concortexbrede_ta2_concortex - Construct 3D Talairach contours of cortex
 brede_ta2_digitizebrede_ta2_digitize - Interactive digitization in Talairach
 brede_ta2_framebrede_ta2_frame - Frame for 2D Talairach plot
 brede_ta2_gridbrede_ta2_grid - Construct 2D Talairach grid
 brede_ta2_locbrede_ta2_loc - Plot 'loc' in 2D Talairach space
 brede_ta2_volbrede_ta2_vol - Plot volume in 2D slices
 brede_ta3brede_ta3 - Overview of 'ta3' functions
 brede_ta3_aalbrede_ta3_aal - Display the AAL segmented images
 brede_ta3_axesbrede_ta3_axes - Construct 3D Talairach axes
 brede_ta3_axlabelbrede_ta3_axlabel - Construct 3D Talairach axes labels
 brede_ta3_bibbrede_ta3_bib - Plot a bib in 3D Talairach space
 brede_ta3_brodnumbrede_ta3_brodnum - Construct 3D Talairach Brodmann numbers
 brede_ta3_concortexbrede_ta3_concortex - Construct 3D Talairach contours of cortex
 brede_ta3_contourbrede_ta3_contour - Construct 3D Talairach contours
 brede_ta3_drurybrede_ta3_drury - Construct 3D Talairach Drury cortex surface
 brede_ta3_expbrede_ta3_exp - Plot an exp in 3D Talairach space
 brede_ta3_eyesbrede_ta3_eyes - Construct 3D Talairach eyes
 brede_ta3_framebrede_ta3_frame - Construct 3D Talairach Frame
 brede_ta3_gridbrede_ta3_grid - Construct 3D Talairach grid
 brede_ta3_lightbrede_ta3_light - Setup light for Talairach display
 brede_ta3_locbrede_ta3_loc - Construct 3D Talairach locations (points)
 brede_ta3_matbrede_ta3_mat - Plot matrix in 3D corner cube environment
 brede_ta3_moviebrede_ta3_movie - Make a movie
 brede_ta3_patchbrede_ta3_patch - Construct 3D patch surface
 brede_ta3_patchwallbrede_ta3_patchwall - Construct 3D patch wall
 brede_ta3_surbrede_ta3_sur - Plot a 'sur' surface in Talairach space
 brede_ta3_sur_digitizebrede_ta3_sur_digitize - Digitization of surfaces
 brede_ta3_tickbrede_ta3_tick - Tick marks for Talairach
 brede_ta3_viewbrede_ta3_view - Set viewpoint
 brede_ta3_volslicebrede_ta3_volslice - Construct 3D Talairach volume slices
 brede_ta3_volsurfbrede_ta3_volsurf - Construct 3D Talairach volume surface
 brede_tal_concerebrede_tal_concere - Return the contour of the cerebellum
 brede_tenbrede_ten - Overview of tensor functions
 brede_ten_matricizebrede_ten_matricize - Matricize tensor into a matrix
 brede_ten_parafacbrede_ten_parafac - PARAFAC decomposition of tensor
 brede_ten_ten2tenbrede_ten_ten2ten - Normalize tensor structure
 brede_tex_listbrede_tex_list - Make a LaTeX code with list
 brede_uibrede_ui - Main graphical user interface
 brede_ui_bibbrede_ui_bib - UI for editing 'Bib' structure
 brede_ui_bibsbrede_ui_bibs - UI for editing 'Bibs' structure
 brede_ui_celbrede_ui_cel - UI for viewing a 'cel' structure
 brede_ui_expbrede_ui_exp - UI for editing 'Exp' structure
 brede_ui_getfilesbrede_ui_getfiles - UI for specifying filenames
 brede_ui_locbrede_ui_loc - UI for editing 'Loc' structure
 brede_ui_loc_initbrede_ui_loc_init - UI for initialization of editing 'Loc' structure
 brede_ui_matbrede_ui_mat - UI for viewing a 'Mat' structure
 brede_ui_mat_partcorrcoefbrede_ui_mat_partcorrcoef - UI for partial correlation
 brede_ui_roibrede_ui_roi - UI for editing 'Roi' structure
 brede_ui_roisbrede_ui_rois - UI for editing 'Rois' structure
 brede_ui_surbrede_ui_sur - UI for viewing a 'Sur' structure
 brede_ui_talspace_digitizebrede_ui_talspace_digitize - Digitize images from TalSpace
 brede_ui_volbrede_ui_vol - UI for viewing a 'Vol' structure
 brede_ui_volsbrede_ui_vols - UI for viewing a 'Vol' structure
 brede_urlbrede_url - Overview of URL functions
 brede_url_braininfobrede_url_braininfo - Return URL to BrainInfo
 brede_url_cocomacsitebrede_url_cocomacsite - Construct CocoMac Site URL
 brede_url_doibrede_url_doi - Construct URL from DOI
 brede_url_fmridcidbrede_url_fmridcid - Construct a URL from a fMRI data center ID
 brede_url_genesymbolbrede_url_genesymbol - URL for gene symbol
 brede_url_ibvdnamebrede_url_ibvdname - Construct URL for IBVD name
 brede_url_meshuidbrede_url_meshuid - Generate URL to MeSH unique identifier
 brede_url_neurondbprbrede_url_neurondbpr - Construct URL for SenseLab NeuronDB
 brede_url_neurotreeidbrede_url_neurotreeid - Construct URL for NeuroTree Id
 brede_url_omimbrede_url_omim - Construct URL from OMIM
 brede_url_pmidbrede_url_pmid - Construct URL for Pubmed request
 brede_url_whoicdtenbrede_url_whoicdten - Generate URL to WHO ICD-10 identifier
 brede_url_wikipediabrede_url_wikipedia - Generate URL to MeSH unique identifier
 brede_url_wobibbrede_url_wobib - Construct URL from WOBIB
 brede_url_woexpbrede_url_woexp - Construct URL from WOEXP
 brede_url_woextbrede_url_woext - Construct URL from WOEXT
 brede_url_woperbrede_url_woper - Construct URL from WOPER
 brede_url_woroibrede_url_woroi - Construct URL from WOROI
 brede_ut_ismemberbrede_ut_ismember - More effecient implementation of ismember
 brede_vhb_bkgroundbrede_vhb_bkground - Construct VRML Hyperbrain Background
 brede_vhb_closebrede_vhb_close - Close a VRML Hyperbrain file
 brede_vhb_housebrede_vhb_house - Hyperbrain VRML House
 brede_vhb_moneybrede_vhb_money - Hyperbrain VRML Money
 brede_vhb_navigatebrede_vhb_navigate - Construct VRML Hyperbrain NavigationInfo
 brede_vhb_openbrede_vhb_open - Open a VRML Hyperbrain file
 brede_vhb_personbrede_vhb_person - Hyperbrain VRML person
 brede_vhb_petscannerbrede_vhb_petscanner - Renders a PET scanner in VRML
 brede_vhb_softwarebrede_vhb_software - Display a 3D icon for software
 brede_vhb_subjectsbrede_vhb_subjects - Renders subjects in VRML
 brede_vhb_torusbrede_vhb_torus - VRML Hyperbrain Torus
 brede_vhb_viewpointbrede_vta_viewpoint - Construct VRML Hyperbrain viewpoints
 brede_volbrede_vol - Overview of volume functions
 brede_vol_absbrede_vol_abs - Absolute value of voxel values
 brede_vol_addbrede_vol_add - Add two volumes
 brede_vol_andbrede_vol_and - Binary AND function on volumes
 brede_vol_assign2labelbrede_vol_assign2label - Convert assignment to labeled 'vol'
 brede_vol_binarizebrede_vol_binarize - Binarize 'vol' structure
 brede_vol_centerbrede_vol_center - Calculate center of volume
 brede_vol_coactivatebrede_vol_coactivate - Find coactivation volume
 brede_vol_density2probbrede_vol_density2prob - Convert density to probability volume
 brede_vol_dividebrede_vol_divide - Divide 'vol' structures
 brede_vol_floodbrede_vol_flood - Flooding operation on binary volume
 brede_vol_gencoordbrede_vol_gencoord - Generate coordinates for volumes
 brede_vol_get_voxelvaluebrede_vol_get_voxelvalue - Get the voxel value from a 'vol'
 brede_vol_glcmbrede_vol_glcm - Grey level cooccurence matrix
 brede_vol_locbrede_vol_loc - Find location (foci) in a volume
 brede_vol_maskbrede_vol_mask - Generate volume mask
 brede_vol_mat2volbrede_vol_mat2vol - Convert vector/matrix to volume structure
 brede_vol_meanbrede_vol_mean - Mean over volumes
 brede_vol_mirrorbrede_vol_mirror - Mirror volume
 brede_vol_negatebrede_vol_negate - Negate 'vol' structure
 brede_vol_notbrede_vol_not - Binary not function on volume
 brede_vol_orbrede_vol_or - Binary OR function on volumes
 brede_vol_originbrede_vol_origin - Return origin of volume in 'vol' structure
 brede_vol_plot_cumdistbrede_vol_plot_cumdist - Plot cumulative distribution function
 brede_vol_plot_histbrede_vol_plot_hist - Plot histogram for 'vol' structure
 brede_vol_plot_rocbrede_vol_plot_roc - Plot ROC curve
 brede_vol_productbrede_vol_product - Product between volumes
 brede_vol_rangebrede_vol_range - Find range of volume
 brede_vol_regidentbrede_vol_regident - Region identification in a volume
 brede_vol_registerbrede_vol_register - Image registration of volume(s)
 brede_vol_resamplebrede_vol_resample - Resample the volume
 brede_vol_scalebrede_vol_scale - Scaling of a volume
 brede_vol_smoothbrede_vol_smooth - Smooth a volume
 brede_vol_subtractbrede_vol_subtract - Subtract one volume from an other
 brede_vol_thresholdbrede_vol_threshold - Threshold volume
 brede_vol_twosamplebrede_vol_twosample - Two-sample t-statistics
 brede_vol_vol2expbrede_vol_vol2exp - A 'mat' structure from a 'exp' structure
 brede_vol_vol2locbrede_vol_vol2loc - Find location (foci) in a volume
 brede_vol_vol2matbrede_vol_vol2mat - A 'mat' structure from a 'vol' structure
 brede_vol_vol2strbrede_vol_vol2str - String for 'vol' structure
 brede_vol_vol2surbrede_vol_vol2sur - Convert volume to surface
 brede_vol_vol2volbrede_vol_vol2vol - Clean a 'vol' structure
 brede_vol_vol2vrmlbrede_vol_vol2vrml - Construct VRML surface from a volume
 brede_vol_vols2htmlbrede_vol_vols2html - Convert volumes to HTML
 brede_vol_volumemeanbrede_vol_volumemean - Mean in volume
 brede_vol_xformbrede_vol_xform - Transform a 'vol' structure
 brede_vol_zerobrede_vol_zero - Mask zero volume (partially)
 brede_vrmlbrede_vrml - Overview of VRML functions
 brede_vrml_facesetbrede_vrml_faceset - Construct VRML faceset or lineset
 brede_vrml_openbrede_vrml_open - Open a VRML file
 brede_vrml_strimagebrede_vrml_strimage - Convert string to VRML texture
 brede_vrml_textbrede_vrml_text - Write a text in VRML
 brede_vrml_uniquebrede_vrml_unique - Return a unique identifier
 brede_vrml_volplanebrede_vrml_volplane - Construct VRML surface from a volume
 brede_vrml_volsurfbrede_vrml_volsurf - Construct VRML surface from a volume
 brede_vtabrede_vta - Generation of Talairach VRML files
 brede_vta_1020elecbrede_vta_1020elec - Construct VRML Talairach 10 20 electrodes
 brede_vta_1020slicebrede_vta_1020slice - Construct VRML Talairach 10 20 slices
 brede_vta_aniviewbrede_vta_aniview - Construct VRML Talairach animated viewpoint
 brede_vta_axesbrede_vta_axes - Construct VRML Talairach axes
 brede_vta_axlabelbrede_vta_axlabel - Construct VRML Talairach axes labels
 brede_vta_bibbrede_vta_bib - Construct VRML Talairach model from Bib
 brede_vta_bkgroundbrede_vta_bkground - Construct VRML Talairach Background
 brede_vta_brodnumbrede_vta_brodnum - Construct VRML Talairach Brodmann numbers
 brede_vta_closebrede_vta_close - Close a VRML Talairach file
 brede_vta_contourbrede_vta_contour - Construct VRML Talairach contour
 brede_vta_dipolebrede_vta_dipole - Construct VRML Talairach dipole
 brede_vta_drurybrede_vta_drury - Construct VRML Talairach Drury cortex surface
 brede_vta_expbrede_vta_exp - Contruct VRML Talairach model from 'exp'
 brede_vta_gridbrede_vta_grid - Construct VRML Talairach grid
 brede_vta_locbrede_vta_loc - Plot VRML Talairach points
 brede_vta_navigatebrede_vta_navigate - Construct VRML Talairach NavigationInfo
 brede_vta_openbrede_vta_open - Open a VRML Talairach file
 brede_vta_orientlabbrede_vta_orientlab - Construct VRML Talairach Orientation labels
 brede_vta_panmarkbrede_vta_panmark - Construct VRML Talairach PAN markers
 brede_vta_patchbrede_vta_patch - Construct 3D patch surface
 brede_vta_patchwallbrede_vta_patchwall - Construct 3D patch wall in a VRML file
 brede_vta_pointbrede_vta_point - Plot VRML Talairach points
 brede_vta_rulerbrede_vta_ruler - Construct VRML Talairach ruler
 brede_vta_spherebrede_vta_sphere - Construct VRML Talairach sphere
 brede_vta_viewpointbrede_vta_viewpoint - Construct VRML Talairach viewpoints
 brede_vta_volsurfbrede_vta_volsurf - Construct VRML surface from a volume
 brede_webbrede_web Web structure and functions
 brede_web_allthewebbrede_web_alltheweb - Perform an alltheweb search
 brede_web_altavistabrede_web_altavista - Perform an AltaVista search
 brede_web_googlebrede_web_google - Perform an Google search
 brede_web_pmidbrede_web_pmid - Get abstract from PubMed identifier
 brede_web_pubmedbrede_web_pubmed - Search Pubmed
 brede_web_spmmailbrede_web_spmmail - Download SPM email
 brede_web_urlbrede_web_url - Download a webpage
 brede_web_web2htmlbrede_web_web2html - Convert 'web' structure to HTML
 brede_web_web2matbrede_web_web2mat - Convert 'web' structure to 'mat'
 brede_web_web2urlsbrede_web_web2urls - Extract outgoing links as URLs.
 brede_web_web2webbrede_web_web2web - Convert 'web' structure
 brede_web_wikipediabrede_web_wikipedia - Download a Wikipedia page
 brede_writebrede_write - File writing functions
 brede_write_airbrede_write_air - Write Roger Woods AIR file
 brede_write_analyzebrede_write_analyze - Writes an ANALYZE file
 brede_write_csvbrede_write_csv - Write comma-separated values file
 brede_write_dotbrede_write_dot - Write GraphViz dot file
 brede_write_jsonbrede_write_json - Write JSON file
 brede_write_locbrede_write_loc - Write a 'loc' structure to a file
 brede_write_loc2csvbrede_write_loc2csv - Write 'loc' to comma separated values file
 brede_write_mat2csvbrede_write_mat2csv - Write comma-separated values file
 brede_write_mricro_roibrede_write_mricro_roi - Write a MRIcro 'roi' file
 brede_write_nuagesbrede_write_nuages - Write Nuages cnt file
 brede_write_offbrede_write_off - Write a GeomView OFF (OOGL) file
 brede_write_pngbrede_write_png - Write a PNG file
 brede_write_povbrede_write_pov - Write POV file
 brede_write_stringsbrede_write_strings - Write strings to text file
 brede_write_vol2xmlbrede_write_vol2xml - Write 'vol' structure as XML
 brede_write_xmlbrede_write_xml - Write structure to XML
 bredx_re_matchbredx_re_match - Regular expresion matching with mex file.
 bredx_vol_floodbredx_vol_flood - MEX header for flooding operation

Subsequent directories:


Generated on Fri 27-Nov-2009 18:10:59 by m2html © 2005